Preview

Вестник войск РХБ защиты

Расширенный поиск

Характеристики варианта дельта (B.1.617) вируса SARS-CoV-2 – доминантного агента третьей и четвертой волн эпидемии COVID-19 в России

https://doi.org/10.35825/2587-5728-2021-5-4-353-365

EDN: ajgima

Аннотация

Среди эпидемических вариантов вируса SARS-CoV-2 основное внимание в настоящее время привлекает вариант дельта (B.1.617), впервые выявленный в Индии осенью 2020 г. После появления варианта дельта заболеваемость COVID-19 в Индии выросла в 20 раз. Выход варианта дельта вируса SARS-CoV-2 за пределы Индии стал одним из факторов возникновения третьей волны пандемии COVID-19. По состоянию на 4 октября 2021 г. вариант дельта вируса SARS-CoV-2 выявлен в 192 странах. Цель работы – анализ характеристик варианта дельта (B.1.617) вируса SARS-COV-2 и особенностей вызываемого им заболевания. Основными особенностями варианта дельта вируса SARS-CoV-2 являются: набор мутаций, затрагивающих значимую функциональную область S-белка; скорость передачи от человека к человеку; сниженный инкубационный период вызываемого заболевания. В России вариант дельта вируса SARS-CoV-2 появился не ранее конца апреля–начала мая 2021 г. С распространением варианта дельта, как доминирующего, связано возникновение в начале июня 2021 г. третьей, а в середине сентября – четвертой волны эпидемии COVID-19 в России. Эпидемиологические данные по России демонстрируют резкое увеличение числа новых случаев заболевания при одновременном росте числа госпитализаций и летальных исходов заболевания. Необходимыми мерами борьбы с эпидемией являются: в первую очередь, ускорение темпов вакцинации, а также комплекс административных мероприятий, включающих ограничение массовых мероприятий, строгое соблюдение масочного режима и социальной дистанции в общественных местах.

Об авторах

Т. Е. Сизикова
Федеральное государственное бюджетное учреждение «48 Центральный научно-исследовательский институт» Министерства обороны Российской Федерации
Россия

Сизикова Татьяна Евгеньевна. Научный сотрудник, канд. биол. наук.

г. Сергиев Посад-6, ул. Октябрьская, д. 11  



В. Н. Лебедев
Федеральное государственное бюджетное учреждение «48 Центральный научно-исследовательский институт» Министерства обороны Российской Федерации
Россия

Лебедев Виталий. Николаевич. Ведущий научный сотрудник, д-р биол. наук, проф.

г. Сергиев Посад-6, ул. Октябрьская, д. 11  



Д. А. Кутаев
Федеральное государственное бюджетное учреждение «48 Центральный научно-исследовательский институт» Министерства обороны Российской Федерации
Россия

Кутаев Дмитрий Анатольевич. Заместитель начальника ФГБУ «48 ЦНИИ» МО РФ по научно- исследовательской работе, канд. биол. наук.

г. Сергиев Посад-6, ул. Октябрьская, д. 11  



С. В. Борисевич
Федеральное государственное бюджетное учреждение «48 Центральный научно-исследовательский институт» Министерства обороны Российской Федерации
Россия

Борисевич Сергей Владимирович. Начальник Федерального государственного бюджетного учреждения «48 ЦНИИ» Минобороны России, д-р биол. наук, проф., член-корр. РАН.

г. Сергиев Посад-6, ул. Октябрьская, д. 11  



Список литературы

1. Koyama T., Platt D., Parida L. Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes // Bull World Health Organ. 2020. V. 98. N. 7. P. 495–504. http://doi.org/10.2471/BLT.20.253591

2. Riemersma K.K., Grogan B.E., Kita-Yarbro A., Halfmann P. et al. Shedding of Infectious SARS-CoV-2 Despite Vaccination when the Delta Variant is Prevalent – Wisconsin, July 2021 // medRxiv. 2021. https://doi.org/10.1101/2021.07.31.21261387

3. Mlcochova P., Kemp S.A., Dhar M.S. et al. SARSCoV-2 B.1.617.2 Delta variant replication and immune evasion // Nature. 2021. V. 599. P. 114–119. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03944-y

4. Callaway E. Delta coronavirus variant: scientists brace for impact // Nature. 2021. V. 595. № 7865. P. 17–18. http://doi.org/10.1038/d41586-021-01696-3

5. Wise J. Covid-19: UK cases of variant from India rise by 160% in a week // BMJ. 2021. V. 373. № 1315. http://doi.org/10.1136/bmj.n1315

6. Mishra S., Mindermann S., Sharma M. et al. Changing composition of SARS-CoV-2 lineages and rise of Delta variant in England // EClinical Medicine. 2021. V. 39. P. 101064. http://doi.org/10.1016/j.eclinm.2021.101064

7. Mlcochova P., Kemp S.A., Dhar M.S. et al. SARSCoV-2 B.1.617.2 Delta variant replication and immune evasion // Nature. 2021. V. 599. № 7883. P. 114–119. http://doi.org/10.1038/s41586-021-03944-y

8. Twohig K.A., Nyberg T., Zaidi A. et al. Hospital admission and emergency care attendance risk for SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) compared with alpha (B.1.1.7) variants of concern: a cohort study // Lancet Infect Dis. 2021. S1473-3099. № 21. P. 00475–00478. http://doi.org/10.1016/S1473-3099(21)00475-8

9. Li Q., Guan X., Wu P. et al. Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirusinfected pneumonia // N Engl J Med. 2020. V. 382. № 13. P. 1199–1207. http://doi.org/10.1056/NEJMoa2001316

10. Riou J., Althaus C.L. Pattern of early human-tohuman transmission of Wuhan 2019 novel coronavirus (2019-nCoV), December 2019 to January 2020 // Euro Surveill. 2020. V. 25. № 4. P. 2000058. http://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.4.2000058

11. Wu J.T., Leung K., Bushman M. et al. Estimating clinical severity of COVID-19 from the transmission dynamics in Wuhan, China // Nat Med. 2020. V. 26. № 4. P. 506–510. http://doi.org/10.1038/s41591-020-0822-7

12. Sanche S., Lin Y.T., Xu C. et al. High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 // Emerg Infect Dis. 2020. V. 26. № 7. P. 1470-1477. http://doi.org/10.3201/eid2607.200282

13. Yadav A.K., Kumar S., Singh G., Kansara N.K. Demystifying R naught: understanding what does it hide? // Indian Journal of Community Medicine: Official Publication of Indian Association of Preventive & Social Medicine. 2021. V. 46. № 1. P. 7–14. https://doi.org/10.4103/ijcm.IJCM_989_20

14. Borisevich S.V., Sizikova Т.Е., Lebedev V.N. COVID-19 pandemic: analysis of possible scenarios for the development of the epidemic in Russia // Journal of NBC Protection Corps. 2020. V. 4. № 2. P. 116–130. https://doi.org/10.35825/2587-5728-2020-4-2-116-130

15. South A.M., Diz D.I., Chappell M.C. COVID-19, ACE2, and the cardiovascular consequences // Am. J. Physiol. Heart Circ. Physiol. 2020. V. 318. № 5. P. 1084– 1090. https://doi.org/10.1152/ajpheart.00217.2020.

16. Ong S.W.X., Chiew C.J., Ang L.W. et al. Clinical and virological features of SARS-CoV-2 variants of concern: a retrospective cohort study comparing B.1.1.7 (Alpha), B.1.315 (Beta), and B.1.617.2 (Delta) // Clin. Infect. Dis. 2021. ciab721. https://doi.org/10.1093/cid/ciab721

17. Planas D., Bruel T., Grzelak L. et al. Sensitivity of infectious SARS-CoV-2 B.1.1.7 and B.1.351 variants to neutralizing antibodies // Nat. Med. 2021. V. 27. P. 917– 924. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01318-5

18. Shang J., Yushun W., Lou C. et al. Cell entry mechanisms of SARS-CoV-2 // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2020. V. 117. № 21. P. 11727–11734. https://doi.org/10.1073/pnas.2003138117

19. Starr T.N., Greaney A.J., Dingens A.S. et al. Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016 // Cell Rep Med. 2021. V. 2. № 4. P. 100255. http://doi.org/10.1016/j.xcrm.2021.100255

20. Di Giacomo S., Mercatelli D., Rakhimov A. et al. Preliminary report on severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Spike mutation T478K // J Med Virol. 2021. V. 93. № 9. P. 5638–5643. http://doi.org/10.1002/jmv.27062

21. Harvey W.T., Carabelli A.M., Jackson B. et al. SARS-CoV-2 variants, spike mutations and immune escape // Nat Rev Microbiol. 2021. V. 19. P. 409–424. https://doi.org/10.1038/s41579-021-00573-0

22. Hoffmann M., Hofmann-Winkler H., Krüger N. et al. SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination // Cell Reports. 2021. V. 36. № 3. P. 109415 http://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.109415

23. Wall E.C., Wu M., Harvey R.K. et al. Neutralising antibody activity against SARS-CoV-2 VOCs B.1.617.2 and B.1.351 by BNT162b2 vaccination // Lancet. 2021. V. 397. № 10292. P. 2331–2333. http://doi.org/10.1016/s0140-6736(21)01290-3

24. Planas D. Reduced sensitivity of SARS-CoV-2 variant Delta to antibody neutralization // Nature. 2021. V. 596. № 7871. P. 276–280. http://doi.org/10.1038/s41586-021-03777-9

25. Twohig K.A., Nyberg T., Zaidi A. et al. Hospital admission and emergency care attendance risk for SARSCoV-2 delta (B.1.617.2) compared with alpha (B.1.1.7) variants of concern: a cohort study // Lancet Infect Dis. 2021. Published Online. http://doi.org/10.1016/S1473-3099(21)00475-8

26. Fisman D.N., Tuite A.R. Evaluation of the relative virulence of novel SARS-CoV-2 variants: a retrospective cohort study in Ontario, Canada // CMAJ. 2021. V. 193. № 42. P. 1619-1625. http://doi.org/10.1503/cmaj.211248

27. Subbaraman N. How do vaccinated people spread Delta? What the science says // Nature. 2021. V. 596. № 7872. P. 327-328. http://doi.org/10.1038/d41586-021-02187-1

28. Dyer O. Covid-19: Delta infections threaten herd immunity vaccine strategy // BMJ. 2021. V. 374. № 1933. http://doi.org/10.1136/bmj.n1933

29. Li B., Li A.D., Li K. et al. Viral infection and transmission in a large, well-traced outbreak caused by the SARS-CoV-2 Delta variant // medRxiv. 2021. http://doi.org/10.1101/2021.07.07.21260122. https://virological.org/t/viral-infection-and-transmission-ina-largewell-traced-outbreak-caused-by-the-delta-sarscov-2variant/724

30. Altawalah H. Antibody responses to natural SARS-CoV-2 infection or after COVID-19 vaccination // Vaccines (Basel). 2021. V. 9. № 8. P. 910. http://doi.org/10.3390/vaccines9080910

31. Yeh T.Y., Contreras G.P. Full vaccination suppresses SARS-CoV-2 delta variant mutation frequency // medRxiv. 2021. http://doi.org/10.1101/2021.08.08.21261768; https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.08.21261768v1

32. Baraniuk C. Covid-19: how effective are vaccines against the delta variant? // BMJ. 2021. V. 374. n1960. http://doi.org/10.1136/bmj.n1960

33. Lopez B., Jamie A.N., Gower C. et al. Effectiveness of Covid-19 vaccines against the B.1.617.2 (Delta) variant // N Engl J Med. 2021. V. 385. № 7. P. 585– 594. http://doi.org/10.1056/NEJMoa2108891

34. Gazit S., Shlezinger R., Perez G. et al. Comparing SARS-CoV-2 natural immunity to vaccine-induced immunity: reinfections versus breakthrough infections // medRxiv. 2021. https://doi.org/10.1101/2021.08.24.21262415;

35. Torjesen I. Covid-19: Delta variant is now UK’s most dominant strain and spreading through schools // BMJ. 2021. V. 373. n1445. http://doi.org/10.1136/bmj.n1445avianeggshellpreservesancientDNA // Proc. R. Soc. B. 2010. V. 277. P. 1991–2000. http://doi.org/10.1098/rspb.2009.2019

36. Grachev M.A., Kuznetsova S.Yu., Sherbakova T.A. A method for the isolation of pure DNA for PCR // Molecular Biology. 2006. V. 40. P. 159-161. (in Russian).

37. Zähringer H. Don’t lose the thread. Product survey: Manual DNA extraction kits // Lab Times. 2012. V. 6, P. 52–56. URL: https://docplayer.net/53735876-Pure-dnadevoid-of-impurities-from.htm.

38. Doebler R.W., Erwin B., Hickerson A. et al. Continuous-flow, rapid lysis devices for biodefense nucleic acid diagnostic systems // JALA. 2009. V. 14. P. 119-125. https://doi.org/10.1016/j.jala.2009.02.010

39. Chacon-Cortes D., Griffiths L. Methods for extracting genomic DNA from whole blood samples: current perspectives // J. Biorepository Science for Applied Medicine, 2014. V. 2. P. 1–9. https://doi.org/10.2147/BSAM.S46573

40. Archer M. J., Lin B., Wang Z. et al. Magnetic bead-based solid phase for selective extraction of genomic DNA // Anal. Biochem. 2006. V. 355. P. 285-297. https://doi.org/10.1016/j.ab.2006.05.005

41. Thatcher S.A. DNA/RNA preparation for molecular detection // Clin. Chem. 2015. V. 61. P. 89-99. https://doi.org/10.1373/clinchem.2014.221374

42. Berensmeier S. Magnetic particles for the separation and purification of nucleic acids // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2006. V. 73. P. 495-504. https://doi.org/10.1007/s00253-006-0675-0

43. Phillips K., McCallum N., Welch L. A comparison of methods for forensic DNA extraction: Chelex-100® and the QIAGEN DNA Investigator Kit // Forensic Sci. Int. Genet. 2012. V. 6. P. 282-285. https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2011.04.018

44. Schrader C., Schielke A., Ellerbroek L. et al. PCR inhibitors—occurrence, properties and removal // J. App. Microb. 2012. V. 113. P. 1014-1026. https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05384.x

45. de Boer R, Peters R, Gierveld S. et al. Improved detection of microbial DNA after bead-beating before DNA isolation // J. Microbiol. Methods. 2010. V. 80. P. 209-211. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2009.11.009

46. Verheyen J., Kaiser R., Bozic M. et al. Extraction of viral nucleic acids: comparison of 5 automated nucleic acid extraction platforms // J. Clin. Virol. 2012. V. 54. P. 255-259. https://doi.org/0.1016/j.jcv.2012.03.008

47. Shipley M., Koehler J., Kulesh D. et al. Comparison of nucleic acid extraction platforms for detection of select biothreat agents for use in clinical resource limited settings // J. Microbiol. Methods. 2012. V. 91. P. 179-183. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2012.06.008

48. Mauk M., Liu C., Sadik M. et al. Microfluidic devices for nucleic acid (NA) isolation, isothermal NA amplification, and real-time detection // Methods Mol. Biol. 2015. V. 1256. P. 15–40. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-2172-0_2

49. Saeed M., Ahmad M., Iram S. et al. GeneXpert technology. A breakthrough for the diagnosis of tuberculous pericarditis and pleuritis in less than 2 hours // Saudi Med. J. 2017. V. 38. No. 7. P. 699-705. https://doi.org/10.15537/smj.2017.7.17694

50. Poritz M., Blaschke A., Byington C. et al. FilmArray, an automated nested multiplex PCR system for multi-pathogen detection: development and application to respiratory tract infection // PLoS One. 2011. V. 6. e26047. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0026047


Рецензия

Для цитирования:


Сизикова Т.Е., Лебедев В.Н., Кутаев Д.А., Борисевич С.В. Характеристики варианта дельта (B.1.617) вируса SARS-CoV-2 – доминантного агента третьей и четвертой волн эпидемии COVID-19 в России. Вестник войск РХБ защиты. 2021;5(4):353-365. https://doi.org/10.35825/2587-5728-2021-5-4-353-365. EDN: ajgima

For citation:


Sizikova T.E., Lebedev V.N., Kutaev D.A., Borisevich S.V. The Characteristics of the Delta Variant of SARS-CoV-2 Virus – the Dominant Agent of the Third and Forth Waves of Epidemic COVID-19 in Russia. Journal of NBC Protection Corps. 2021;5(4):353-365. (In Russ.) https://doi.org/10.35825/2587-5728-2021-5-4-353-365. EDN: ajgima

Просмотров: 205


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2587-5728 (Print)
ISSN 3034-2791 (Online)